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计算出来的ECD图谱该怎么调整?

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殷赋科技:做构象搜刮了吗,单构象不轻易找到合适的图谱。

原标题:计算出来的ECD图谱该怎么调剂?

以下是小殷整顿的交换群的部分记录,交换群现已满,我们正在预备第二个群,有兴趣的同伙可以在"大众,"号答复“加群”,验证后安排进群。

ECD图谱调剂

A:各位师长教师好~我比来在计算ECD~算出来的图谱和实际图谱不克不及拟合~想就教一下若何解决~

A: 做了,用的是sybyl里面的随机搜刮,然后,优化和计算后的文件,处理的时刻做了波兹曼权重。

殷赋科技:那应当可以啊!

A:不只和实测拟合不好,两个呈镜像相干的构造,计算获得的ECD也不呈镜像相干。并且,同一个构型下搜刮出的不合构象,计算出的ECD图谱相差很大年夜。有时刻甚至cotton效应的符号都是相反的。

殷赋科技:纰谬称是正常的。因为这些构象不完全雷同。其他方面就没法讲了,因为不合分子情况不一样,也没看到你的构造和图,只能空言无补。

殷赋科技:又要精确又要快,用dock6,固然比不上fep,但发篇文章解释下结合模式照样够的。

A:红色是实测,黑色和蓝色是一对对映异构体,紫色和绿色是一对对映异构体。这是个含有两个手性中间的构造,构造类似。

殷赋科技:将计算曲线平移和缩放,就看起来吻合了。

B:@A 这图没有看懂啊。这几条线的构造呢?

@殷赋科技 计算出来的ecd图谱可以阁下平移来吻合实验图谱?

殷赋科技:构造柔性强,看图上曲线,也不好区分非对映异构体。

A:黑色是6R8R,蓝色 6S8S,紫色 6S8R,绿色 6R8S。

A:6位接近生色团,谱线的平移用什么软件来实现?

殷赋科技:@B 当然要。

A:然则6位应当能定下来吧。

殷赋科技:@A 我只能给你一些建议,其他的还须要你去摸索。

殷赋科技:对这个构造,做体系搜刮比较好。你用什么作图,就用什么平移。

殷赋科技:一般算骨架原子。

A:师长教师,用哪个软件可以做体系搜刮?prism?

殷赋科技:sybyl应当可以吧。

B:@殷赋科技 哪有没有这个情况,我平移成相反的样子,然后以此为由。直接拒稿。

殷赋科技:还有,几何优化和激发态计算用的是什么理论办法和基组。

A:

激发态计算 # td=(singlets,nstates=20) b3lyp/6-31g(d) scrf=(cpcm,solvent=methanol)

殷赋科技:@B有可能的,对于复杂一点的构造,多手性中间的情况,有可能向左向右平移会得出相反的结论。

殷赋科技:计算办法和基组没有多大年夜问题,还可以试下bp86计算激发态。对图谱的影响身分,重要有构象、理论办法。

A:sybyl有体系搜刮。

殷赋科技:可以从两方面去摸索,不清楚的就默认好了。

A:我认为我这个也是构象搜刮这一步。

殷赋科技:平移一般参考UV的平移情况。

C:这种搜刮今后,没有一个初步的分布,怎么筛选合适的构象?我有时刻用openbabel做的。

殷赋科技:假如构象少,全部都拿去几何优化。假如构象多,按能量排序,遴选能量差在3 kcal/mol以内的。

A:然则我看了算出来的UV和我实测的UV根本上无偏移。

殷赋科技:那就没法根据UV了。

蛋白质与配体对接

A:我想就教一下,vina做垮台白质配体对接后的这些参数能解释这个成果怎么样?

B:我在用ds做,然则他那个教程里面activity property不是ic50。

B:一般不克不及,因为这个成果误差比较大年夜。

殷赋科技:小我经验,-4~-7注解对接构象结合力中等(与实验测定的亲和力、活性、IC50等等,没有太大年夜关系,因为相干性差,也就是@B 说的误差大年夜)。还要看结合模式是否合理,才好解释问题。

C:有没有专门文献可以参考呢?

B:有很多文献有写docking软件的评分标准较差,里边自由能一般根据电荷互相感化,建议起码用mmgbsa算下自由能。

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